Junior se convirtió en el primer finalista de la Copa Águila 2016, luego de superar en su llave a Deportes Tolima.

El primer partido finalizó cero por cero en la ciudad de Ibagué y en el compromiso de vuelta empataron nuevamente, pero en esta oportunidad dos por dos. Con ese resultado tuvieron que definir la clasificación en cobros de tiro penal, donde se impuso el conjunto barranquillero 5×3.

Ahora, Junior espera por su rival, con el que definirá el título, que saldrá de la llave que disputarán Santa Fe y Nacional.