Santa Fe, Nacional, Tolima y Bucaramanga se convirtieron en los cuatro clubes que disputarán las semifinales de la Liga Águila II – 2016.

Santa Fe consiguió su cupo, tras superar en su serie a Medellín. El primer partido finalizó uno por dos (1×2) a favor de los bogotanos, y en el segundo compromiso se volvieron a imponer los rojos de la capital, esta vez dos por cero (2×0) con anotaciones de Leyvin Balanta (30´) y Yeison Gordillo (48´). Con los 6 puntos, Santa Fe clasificó a la siguiente instancia.

El segundo club que consiguió su cupo en semifinales fue Atlético Nacional, que superó en su serie a Millonarios. El primer partido lo ganó el conjunto azul dos por uno (2×1), pero en la vuelta triunfaron los verdes tres por cero (3×0), con goles de Alejandro Guerra (40´), Farid Díaz (89´) y Juan Pablo Nieto (90+2´). Gracias al marcador global clasificaron los antioqueños, que se verán frente a los bogotanos en la siguiente ronda.

Tolima avanzó a semifinales luego de superar en su llave a Patriotas. El conjunto de Ibagué se impuso uno por dos (1×2) como visitante en el partido de ida, pero los boyacenses también ganaron fuera de casa su compromiso cero por uno (0x1) con tanto convertido por Juan Sebastián Villota (72´). Con marcador global empatado dos por dos (2×2) fue necesario definir la serie desde el punto penal, allí se impusieron los tolimenses tres por cero (3×0).

El último clasificado fue Bucaramanga que superó en su serie a Deportivo Cali. El primer partido terminó dos por uno (2×1) a favor de los santandereanos, y en la vuelta empataron uno por uno (1×1). Por el conjunto verde de Cali anotó Aquivaldo Mosquera (27´), pero los de Bucaramanga equilibraron el resultado con anotación de Mauro Guevgeozian (75´), con ese marcador los visitantes clasificaron y jugarán ante Tolima en la siguiente ronda.